百日咳每晚二三点咳一次多考虑是环境因素、睡眠姿势不当等原因引起的，也可能是呼吸道分泌物刺激、支气管痉挛、合并感染等原因导致的，需要及时去医院进行相关检查，并积极配合医生治疗。
1、环境因素
如果百日咳的患者在夜间睡眠环境相对封闭，可能会对呼吸道产生刺激，从而加重咳嗽的症状。患者在平时需要注意勤开窗通风，保持室内空气流通。
2、睡眠姿势不当
若在平时睡觉时姿势不当，可能会阻塞部分气道，导致呼吸不畅，引起上述症状。应注意及时调整正确的睡觉姿势，以免导致不适症状加重。
3、呼吸道分泌物刺激
百日咳杆菌感染后，可能会导致呼吸道产生大量的分泌物，在夜间睡觉时，分泌物容易积聚在呼吸道内，引起刺激性咳嗽的症状。可以遵医嘱使用止咳化痰颗粒、异丙托溴铵吸入气雾剂、硫酸特布他林雾化吸入用溶液等药物治疗，帮助减轻病情反应。
4、支气管痉挛
该疾病可能会引起支气管炎症反应，导致支气管平滑肌收缩，使气道阻力增加，引起阵发性或者痉挛性咳嗽、喘息等症状。可在专业医生的操作下通过雾化治疗，有利于缓解支气管痉挛。
5、合并感染
百日咳的患者，可能会因免疫力下降而合并其他病原体感染，此时容易引起咳嗽加重、发热等症状。需要遵医嘱使用阿奇霉素分散片、阿莫西林胶囊、克拉霉素分散片等药物进行改善，帮助杀灭细菌。
在日常生活中需要注意适量饮水，能够帮助补充人体内所需要的水分，也能够帮助滋润咽喉。