宝宝拇指内扣的原因有可能是关节韧带发育异常、骨骼生长畸形、脑部损伤等因素所致。
1、关节韧带发育异常：如果关节韧带发育异常之后就有可能会导致局部的关节出现畸形的状态，也可能会拇指内扣。需要通过手术的方法来做治疗。
2、骨骼生长畸形：拇指部位的骨骼在发育畸形之后也有可能会导致拇指出现内扣的状态，而且还会影响到局部的美观，可以通过手术的方法治疗。
3、脑部损伤：在大脑受到严重损伤之后，就有可能会导致脑神经功能的问题，也有可能会导致拇指内扣。还需要进行修复神经治疗。
除了以上原因，也不排除是脑瘫疾病等因素所致，还需要到医院做相关性检查，才能明确具体的病因。
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