有一部分毛囊炎并非由细菌感染引起，而是由真菌感染引起，这个时候可以服用抗真菌类药物，常用的药物有伊曲康唑、特比萘芬，还可服用酮康唑等。如果毛囊炎比较严重，可以口服多西环素、克拉霉素、阿奇霉素等药物进行治疗，这种情况需要根据细菌、真菌或其他致病菌培养的结果进行判断。毛囊炎主要有两种情况，一种是由于真菌感染所致的毛囊炎。
如果是细菌感染导致的，那么痘痘就会稍微严重的毛囊炎，常见的外用药物有莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、复方多黏菌素B软膏等。日常生活中要注意不吃辛辣刺激的食物，油脂性高的食物，要多吃维生素丰富的食物，多吃新鲜水果和蔬菜，保持大便通畅，保证充足睡眠，保持良好的生活习惯，加强锻炼身体，增强机体免疫力。如果有毛囊炎的症状，建议用抗生素类的药膏，可以外涂，比如红霉素软膏、百多邦软膏、夫西地酸钠软膏等。
当炎症持续加重时，可以服用一些消炎的药物，比如头孢类的消炎药，或者在头皮表面涂上红霉素软膏，治疗时要调理，尽量不要吃辛辣刺激的食物，否则会加重毛囊炎的症状。病人也要注意不要用手去抓病变的部位，以免再次感染。
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