阴茎根部疼可能是不洁性生活、前列腺炎、泌尿系统结石等原因所造成。通常需要根据不同病因，遵照医嘱进行诊治，有利于阴茎根部恢复健康。
1、不洁性生活：性生活过于频繁时，容易引起阴茎部位出现不适症状。一般需要控制同房次数缓解。
2、前列腺炎：阴茎部位在受到细菌感染时会有放射性的疼痛感，通常需要遵照医嘱口服药物进行治疗，比如坦索罗辛或者多沙唑嗪。
3、泌尿系统结石：体内尿液酸碱度代谢异常时，会导致出现泌尿系统结石引起阴茎根部出现疼痛。通常需要在医生的指导下采取体外碎石方法治疗。
除上述之外，还可能是阴茎根部囊肿等因素引起，需要就医诊治，使阴茎根部康复。
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