射精后肾隐隐作痛可能是长期熬夜、肾阳虚、肾结石等原因导致的，患者可以到医院检查确定原因，对症治疗。
1、长期熬夜如果患者长期熬夜，有可能会导致内分泌紊乱引起雄激素水平下降，在射精后肾虚会出现隐隐作痛的情况，一般不需要特殊治疗，通过调整不良的生活习惯，保持充足的睡眠，能够缓解症状。
2、肾阳虚如果患者频繁自慰，或者性生活的次数过于频繁，有可能会导致肾精不足，出现肾阳虚的情况，气血循环不畅会导致肾部出现疼痛，可以在医生的指导下使用金匮肾气丸、左归丸、附子理中丸等药物治疗。
3、肾结石如果患者存在肾结石，在射精后由于精神兴奋可能会导致结石出现移动，会压迫肾脏的血管和神经，出现疼痛，指导下使用金水宝胶囊、排石颗粒、肾石通颗粒等药物治疗。
除了以上常见的原因外，还有可能是精囊炎导致的，患者可以到医院做进一步检查治疗。
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