1.病人有肺和呼吸道的症状，如慢性咳嗽，或在慢性咳嗽的基础上咳嗽加重，咯血或痰中带血，以及哮喘或喘鸣等，要找出病因和病变部位。
2.肺内炎症改变、肺不张、肺门增大、肺门或肺内块影等异常肺部影像学检查，可发现病灶并确定病变性质。
3.术前检查及定位某些气管、支气管肿瘤或中心型肺癌，为明确病变的位置，以判断是否需要手术切除和切除范围。
4.激光血卟啉检测痰中的肺癌，而胸部影像学检查阴性，以寻找病灶，或通过激光血卟啉来早期发现肺癌。
5.观察放疗、化疗和手术后的疗效，观察是否复发，肉芽增生或狭窄等情况。
6.对肺内病灶、肺底隆嵴和肺门处的病灶，经气管、支气管镜无法到达的活检，可采用镜下针吸活检。
7.声带麻痹检查原因不明。
8.食管癌上、中段食管癌是否侵犯气管、支气管。
9.胸腔手术后分泌物潴留所致肺不张可通过床旁支气管镜及时吸出，可使肺复张。
10.切除的支气管阻塞病变如良性小肿瘤、肉芽组织。
11.支气管胸膜瘘经支气管镜检查发现瘘口，将纤维蛋白胶等粘堵剂注入瘘口。
12.对气管、支气管进行激光治疗或近距离放射治疗。
13.辅助气管内插管和气管插管的定位，特别是双腔管插管。
14.对于肺癌、间质性肺疾病或免疫缺陷病，支气管肺泡灌洗可用于治疗肺炎、哮喘、慢性支气管炎或肺化脓症。
