肛门囊肿，在治疗上需要重视，在囊肿形成的早期，要注意正确的使用一些抗生素，如果说情况严重的话要注意采取切开引流的方法治疗，而且平时要注意自己的锻炼，提高身体的免疫力抵抗力。
1.囊肿形成早期，可采用抗感染治疗(包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗、休息等)。
2.囊肿形成时，即应手术引流。
3.囊肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。
4.在囊肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。
5、及时治疗可引起肛门直肠周围脓肿的全身性疾病，如溃疡性结肠炎、肠结核、克隆氏病等。
6、平时积极锻炼身体，增强体质，能增进和改善肛门部血液循环，使局部的抗病能力提高，能预防感染的发生。
7、积极防治其他肛肠疾病，如肛窦炎、肛乳头肥大、肛裂、炎性痔、直肠炎等能及时、正确、有效的治疗，可以避免和减少肛周感染，脓肿和肛瘘的发生。
8、防治便秘和腹泻，对预防肛门直肠周围感染有重要意义，它能避免和减少肛门直肠区的粘膜和上皮组织的损伤或炎症，可降低脓肿与肛瘘的发病率。
9、保持肛门部清洁卫生，勤换内裤，坚持每日便后清洗肛门，对预防感染有积极作用。
10、一旦发生肛门直肠周围感染，应及早到正规的医院诊治，并采用有效的抗感染措施，包括全身及局部的治疗，可防止炎症蔓延、扩散，切勿轻信游医成所谓“祖传”的宣传而延误诊断及治疗。
