脂肪痢的成因是因为消化不良或脂肪摄取欠佳。人体具有消化和吸收脂肪的精密功能，如饮食含高脂肪，就会刺激胆汁分泌到小肠内。胆汁就像清洁剂，胆汁内的胆汁酸会令脂肪乳化和溶解于小肠液中。同时胰臟会分泌一种脂肪分解酵素，将脂肪分解成细小分子 (如脂肪酸和胆固醇)，在胆汁酸的协助下传送至小肠壁细胞。
肝病、胰脏疾病或小肠疾病均会引致脂肪痢。
1. 肝病
慢性肝病患者分泌胆汁的功能受影响，出现脂肪痢的情况甚为常见。这些病人通常出现严重的黄疸病 (面色发黄)。
2. 胰脏疾病
胰腺炎(pancreatitis)即是胰腺发炎，如属慢性类别，分泌脂肪分解酵素 (负责消化脂肪的酵素) 的功能就会受到阻碍，因而引致脂肪痢。患有囊性纤维化(Cystic fibrosis)的病人亦会出现脂肪痢。囊性纤维化为一种遗传性疾病，令身体製造过多过厚及黏性的黏液，堵塞肺部和胰脏。另外,曾施手术移除胰臟的病人亦较常患有脂肪痢。
3. 小肠疾病
患乳糜泻(Celiac disease)的病人不能耐受小麦和黑麦中的蛋白质，此蛋白质损害小肠内壁细胞，令消化和吸收脂肪的功能大受影响，因此病人亦会出现脂肪痢。如病人已移除小肠或小肠广泛受疾病影响，又或受病菌感染，亦会出现脂肪痢。
