从解剖学看，如果射精管或尿道没有什么问题的话，不会产生射精疼的感觉，如果在狭窄处，因为尿道有三个狭窄处，一个是在前列腺的出口，一个是在龟头内的部位，如果有外伤，造成了阴茎的结节，会压迫射精管，排精的时候也会产生疼痛的刺激。本身与精子的量多少没有直接的关系，本身来讲，射精疼痛如果是在龟头上，那就是局部性的问题，如果呈反射性的疼痛，那不外乎几大器官，一个是前列腺，一个是精囊腺，一个是睾丸，一个是附睾。
人的兴奋阈值积累到一定时候以后，出现一种射精反应，造成了血管也好，造成了平滑肌也好，高度的痉挛，像这种状态会造成前列腺的压力特别大，精囊腺的压力特别大，而且睾丸的提睾肌也处于紧张的状态，精囊腺射精的时候，当时的压力恐怕是在13点多，压力特别大，在这种情况下，如果本身有炎症，肯定会引起疼痛的加剧，甚至会引起对性生活的恐惧症。
另外，泌尿系感染的疾患，由于治疗的时间没有把握住，延缓了治疗的机遇，造成了慢性泌尿道或射精管的斑痕，形成了慢性的炎症，出现这种情况的时候，在射精的时候也会产生疼痛。
女性存在阴道炎或宫颈糜烂，本身的外生殖器是不是有炎症，如果有炎症的话，也会造成男性自身的交叉感染，使您出现龟头炎，或者是包皮炎等等。龟头的慢性炎症，轻度的红肿、上皮细胞的充血，女同志的PH值是5.2，是偏酸性的，这种酸性也会造成射精时龟头的疼痛。
射精疼症状的鉴别诊断：
性医学研究表明，射精疼痛多为生殖器官的器质变所致。主要有以下几个方面：
尿路及性器官感染男性下尿路感杂是导致射精疼痛的最常见原因，包括膀胱炎等。这些感染可引起局部组织充血肿胀，痛阈降低。射精时的一系列节律性收缩对炎症病灶是一种机械性刺激，常伴随射精动作出现剧烈疼痛。另外，炎和附睾炎也会造成射精疼痛，这是由于除了它们本身病变引起的疼痛外，加之分泌液和排入，越发会使疼痛加剧所致。有的患者会发生疼痛性遗精。
恶性肿瘤男性泌尿生殖器官的恶性肿瘤多会引起射精疼痛。如睾丸、附睾发生肿瘤时，性活动产生的压力以及睾丸的转动、抬高均可引起疼痛，不过其疼痛性质较为缓和，多呈隐痛或酸痛。、精囊、输精管等处发生肿瘤的机会虽然不多，但病变的进展过程多为隐匿性，此类疼痛应是引起重视的报警信号。
尿路结石男性尿路结石是常见的疾病，下尿路的膀胱结石以及输尿管结石均可导致射精疼痛。这是因为结石是一种硬性异物，射精时局部软组织的收缩、蠕动，挤压结石而产生疼痛。严重的尿路结石可继发感染，使疼痛更加重。
此外，男性的泌尿生殖系结核、尿道息肉、阴茎硬结症等疾患亦会造成射精疼痛;性交时动作过于猛烈、性生活过频而使性腺过度工作，也会引起疼痛。
性医学认为，若平素性生活正常，突然出现射精疼痛，则可能是罹患上述疾病的信号，要及早到医院去诊治;在患病期间，原则上对性生活应持克制态度，以减少对局部病变组织的刺激;对于病因明确的射精疼痛，应妥善治疗原发病。
临床实践证实，此病症最好是早诊断、早治疗。该病患者只要接受正规系统的治疗，就能取得较好的疗效。对于曾经出现过射精疼痛的患者，在以后的日常生活中要注意预防该病的复发，要适当控制房事的次数，戒除烟酒，少吃辛辣食物，避免其泌尿生殖系统出现充血状态。
