妊娠期急性肾盂肾炎可发生危及生命的并发症，出现多脏器系统的功能失调，包括：
1. 妊娠早期，高热还可使胎儿神经管发育障碍，且妊娠期急性肾盂肾炎约3%可能发生中毒性休克，肾功能暂时恶化，可合并胎儿宫内发育迟缓，呼吸窘迫综合征、先天性畸形及胎儿死亡等。妊娠晚期，细菌产生的内毒素刺激子宫收缩引起早产。妊娠期尚可发生肾周围脓肿、肾脓肿、皮质脓肿，但极为罕见。
2.内毒素血症及感染性休克 临床出现体温过度下降(低于35℃)等不良预兆，常常是内毒素血症及感染性休克先兆低血压的前驱。
3.肺脏损害 内毒素损伤肺泡而致肺水肿(程度不等的呼吸功能不全乃至成人呼吸窘迫综合征)。
4.肾功能损害 肾小球滤过率下降，肌酐清除功能下降。
5.贫血及血小板减少 大肠杆菌内毒素所含脂多糖(lipopolysaccharide)破坏红细胞而引起贫血。
患急性肾盂肾炎的孕妇易发生高血压和贫血，高热可引起流产、早产。
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