一、症状
1.念珠菌肠炎
最常见，好发于儿童，尤其是营养不良或严重衰竭的婴儿。主要表现为腹泻，大便每天10～20次，呈水样或豆腐渣样，泡沫比较多且呈黄绿色，可伴有腹胀、低热，甚至呕吐，但腹痛少见。粪标本碘涂片可见大量出芽酵母和菌丝，培养多为白色念珠菌。患儿常伴有鹅口疮。有基础疾病的患者则往往于发病前有应用广谱抗生素史。免疫缺陷患者易发展为播散性念珠菌病。如按一般细菌性肠炎治疗，症状反而加剧，腹泻呈迁延性经过，常数月不愈，且愈后易复发。
2.曲菌肠炎
好发于有基础疾病的体力劳动者，多为烟曲菌所致。由于烟曲菌并非肠道正常菌群，故感染是外源性的，往往继发于肺曲菌病。曲菌有侵犯血管之倾向，菌丝可穿入血管壁导致血栓形成。曲菌肠炎的临床表现以腹痛和血便为主，可引起消化道大出血，而腹泻常不典型，也缺乏念珠菌肠炎的迁延性经过，侵犯血管后易发展为播散性曲菌病。
3.毛霉菌肠炎 因摄入被真菌孢子污染的食物所致，好发于营养不良的儿童或有胃肠道慢性疾病的患者。临床表现由于受累部位和感染程度的不同而差异较大。其特点是血管栓塞后引起黏膜溃疡甚至穿孔的表现，多伴有胃的感染和胃溃疡。可出现腹痛、腹泻、呕血和黑便，或肠穿孔导致腹膜炎，或侵入胃肠血管导致血行播散，病情发展快，病死率高。
4.组织胞浆菌肠炎
具有地方流行性，多见于艾滋病患者或儿童，因吸入或摄入来自污染土壤中的孢子所致。临床经过酷似局限性肠炎或溃疡性结肠炎。起病缓慢，有发热、消化不良、腹泻、黑便、腹痛，有时呕吐。常伴有肺部感染灶，但以肠炎为主要表现。
5.副球孢子菌肠炎
继发于肺部感染灶或经血行播散而感染。本病亦具有地方流行性。主要见于巴西中部高原，经常接触土壤的人群较易患此病。病变多在回盲部，引起有脓肿形成的溃疡性肉芽肿。病原菌可通过淋巴播散至局部淋巴结、肝、脾。主要症状是腹痛，右下腹可触及肿块，伴腹泻、呕吐，往往由于出现腹水和腹腔淋巴结肿大而易误诊为结核或肿瘤。
6.地丝菌肠炎
地丝菌和念珠菌相似，是一种内源性条件致病菌。地丝菌肠炎多见于有免疫缺陷的慢性病患者和应用免疫抑制药、抗生素或糖皮质激素者。症状有腹痛、腹泻、脓血便或黏液便，与痢疾相似，但脓血便中可查到大量地丝菌和长方形关节孢子。患者多伴有口腔地丝菌病，类似鹅口疮。
二、诊断标准
真菌性肠炎的诊断比较困难，临床病例多数被漏诊或误诊，有些直到尸检时才被发现。一是由于临床症状一般不严重，缺乏特征性表现，少数甚至无明显腹泻，如曲菌肠炎;二是由于实验室检查中具确诊意义的项目不多，有些项目又难以推广应用。因此，真菌性肠炎的诊断需要运用多种方法，结合临床经验作综合分析。
1.临床诊断
组织胞浆菌和副球孢子菌肠炎具有地方流行性，患者多为流行区居民或曾去流行区旅行。条件致病性真菌在正常情况下不致病，只有当人体免疫功能低下时才引起发病，如念珠菌、曲菌。若临床表现不能用细菌性或病毒性感染来解释，抗生素治疗反而使症状加剧，腹泻迁延不愈，同时还存在与免疫功能低下有关的基础疾病或其他诱因如广谱抗生素和免疫抑制药的应用等，应考虑真菌性肠炎的可能，及时作粪标本病原学检查或肠镜活检。对腹泻伴有鹅口疮的患者更不可忽视，必要时应用抗真菌药做诊断性治疗。
2.病原学诊断
包括真菌形态学检查和真菌培养。若粪标本直接镜检发现大量菌丝和孢子，并排除污染因素可确诊为真菌性肠炎。仅有少量孢子则可能为正常带菌，意义不大。真菌培养需连续3次阳性并为同一菌种，结合临床方可确诊。对于双相型真菌，需分别在25℃和37℃条件下培养并染色镜检。以鉴定真菌形态，或进一步做动物接种试验以鉴定真菌的致病性。
3.病理学诊断
通过临床诊断和病原学诊断仍不能确诊的患者，肠镜活检是最后手段。在病理切片中找到菌丝和孢子，是真菌感染的直接证据，且曲菌、毛霉菌等真菌感染的病理变化又颇具特征，有诊断意义。肠活检结果还可经动物接种试验出现类似病理改变，来加以证实。
4.免疫学诊断
以检测真菌循环抗原最具诊断意义，但往往因交叉反应而不能确定菌种。试验阳性提示曾经感染，适用于流行病学调查，对急性感染的诊断价值不大。特异性检测则常常由于患者伴有免疫功能低下而出现假阴性，应用范围有限。
