血吸虫病的临床表现复杂且多样化，根据病期早晚，感染轻重，虫卵沉积部位以及人体免疫反应而不同，临床上可分为急性、慢性、与晚期吸虫病以及异位损害。
一、急性血吸虫病
急性血吸虫病发生于夏秋季，以7～9月为常见，男性青壮年与儿童居多，患者常有明确疫水接触史，如打湖草、捕鱼、摸蟹、游泳等，常为初次重度感染，约半数患者在尾蚴侵入部位出现蚤咬样红色皮损，2～3天内自行消退，从尾蚴侵入至出现临床的潜伏期长短不一(23～73天)，但以1个月左右占大多数，起病较急，临床症状以及发热等全身反应为主。
1、发热：患者均有发热，热度高低、期限与感染程度成正比，热型以间歇型最常见，体温曲线呈锯齿状，临晚高热，伴畏寒，次晨热退盛汗，弛张热及不规则低热次之；稽留热少见，均为重型，患者一般无显著血症症状，但重型患者可有意识淡漠、重听、腹胀等，相对缓脉亦可见，故易误诊为伤寒，发热期限短者仅2周，但大多数为1个月左右，重型患者发热可长达数月，称为重症迁延型，伴有严重贫血、消瘦、浮肿，甚至恶病质状态。
2、过敏反应：有荨麻疹、血管神经性水肿、全身淋巴结轻度肿大等，荨麻疹较多见，约见于1/3患者，血中嗜酸性粒细胞常显著增多，具有重要诊断参考价值。
3、腹部症状：病程中半数以上患者有腹痛、腹泻，而排脓血便者仅10％左右，腹泻次数不多，有时与便秘交替，重型患者腹部有压痛与柔韧感，可有腹水形成。
4、肝、脾肿大：90％以上患者肝脏肿大，伴有不同程度压痛，尤以左叶肝脏为显著，黄疸甚为少见，约半数患者伴有轻度脾肿大。
二、慢性血吸虫病
在流行区占绝大多数。
1、无症状患者：慢性血吸虫病中以无明显症状者最多，仅在粪便普查或因其他疾病就医时发现。
2、有症状患者：以腹痛、腹泻为常见，每日两三次稀便，偶尔带血，时发时愈，重型患者有持续性脓血便，伴里后重，慢性血吸虫病患者常有肝、脾肿大，在病程早期以肝肿大为主，尤以肝左叶为主，但随着病程进展，脾脏逐渐肿大，故有肝脾型血吸虫病之称。胃与十二指肠血吸虫病甚为少见，这类患者多在手术或胃镜检查取活组织检查发现血吸虫卵而确诊。
三、晚期血吸虫病
主要指血吸虫病性肝纤维化而言，根据其主要临床症状分为巨脾，腹水和侏儒型，随着我国血防工作大力开展与深入，患者得到及时治疗，晚期血吸虫患者数已大量减少。
1、巨脾型：最为常见，占晚期血吸虫病绝大多数，脾脏下缘达脐平线以下，或向内侧肿大超越正中线，质地坚硬，常可扪及明显迹，晚期血吸虫病患者因食管下段静脉破裂发生大出血时，脾脏可见缩小，巨脾型患者均伴有脾功能亢进，白细胞与血小板减少以及贫血，可有出血倾向。
2、腹水型：腹水是晚期血吸虫病肝功能显著丧失代偿的表现，腹水形成与门静脉阻塞、低蛋白血症以及继发性醛固酮增多引起水、钠潴留有关，腹水程度轻重不等，病程长短不一，可反复发作，患者诉腹胀难受、腹部膨隆，常有脐疝与腹壁静脉曲张，有时于脐周可听到连续性血管杂音——克-鲍综合征，少数患者出现轻度黄疸，蜘蛛痣与肝掌较门脉性肝硬化少见，下肢浮肿常见。
3、侏儒型：现在已很少见，儿童因反复重度感染肝脏生长调节素减少，影响其生长发育而引起侏儒症，侏儒型患者身材呈比例性矮小，性器官不发育，睾丸细小，无月经，为类似垂体侏儒症。
四、异位损害
1、肺血吸虫病：多见于急性血吸虫病患者，为虫子，卵沉积引起的肺间质病变，呼吸道症状大多轻微，且常被全身症状所遮盖，表现为轻度咳嗽与胸部隐痛，痰少，咯血罕见。肺部体征也不明显，有时可闻干，湿啰音，但重型患者肺部有广泛病变时，胸部X线检查可见弥漫云雾状，点片状，粟粒样浸润阴影，边缘模糊，以位于中下肺野为多，肺部病变经病原学治疗后3～6个月内逐渐吸收消失，并不发展为肺源性心脏病。
2、脑血吸虫病：临床上可分为急性与慢性两型，均以青壮年患者为多见。脑血吸虫病在急性血吸虫病患者病程中表现为脑膜脑炎症状：意识障碍、脑膜刺激征、瘫痪、抽搐、腱反射亢进、锥体束征等，脑脊液正常或有蛋白质与白细胞轻度增多，慢性型的主要症状为癫痫发作，尤以局限性癫痫为多见，颅脑CT扫描显示病变常位于顶叶，亦可见于枕叶，为单侧多发性高密度结节阴影，数厘米大小，但其周围有广泛脑水肿，使脑回凸起，甚至压迫侧脑室，使之变形，脑血吸虫病患者肝、脾肿大有时并不明显，如能及早诊断与治疗预后较好，大多康复，颅脑CT扫描恢复正常，癫痫也停止发作。