北京大学深圳医院原名“深圳市中心医院”，是深圳市政府投资建成的现代化综合性医院。医院于1999年底建成开业，2001年9月，深圳市政府与北京大学、香港科技大学合作，医院更名为“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳入北京大学附属医院管理体系。2011年，经广东省医院评审委员会评审，认定为三级甲等医院。
医院占地面积5.9万平方米，编制病床800张，实际开放病床1200张。2015年新外科大楼投入使用后，医院总建筑面积将达22.3万平方米，病床总数达1600-1800张。医院总资产达11.3亿元，拥有总价值超7.8亿元的现代化医疗设备。现有在岗员工2059人，其中拥有副主任医师以上职称的高级技术人才681名，硕士以上学位人员535名，有海外留学经历人员112名。
医院开设52个临床医技科室，其中1个国家级合作重点学科、8个省级临床重点医学专科、1个省级重点实验室、8个市级重点学科及实验室。医院开展的一大批医学高新技术和特色服务项目，吸引了深圳、香港、澳门以及周边地区的大批患者，还有来自全球36个国家和地区的外宾前来就诊。2014年医院年门急诊总量约295万人次，年出院病人4.98万人次，年手术量3万多台次。作为临床医学院，医院设立了内、外、妇、儿等二级教研室23个，三级教研室27个。年接收北京大学本科、研究生、临床实习生50多名，其他实习、进修人员100多名。现已建立博士后科研工作站1个，博士培养点5个，硕士培养点37个，共有硕士、博士导师108名。现承担10多项国家、省自然科学基金项目，630多项国家、省部、市级科研课题，并获得多项国家、省、市科技成果和国家专利。
医院与北京大学、香港科技大学在技术和学术方面展开了广泛的交流与合作，逐步拓展对外交流渠道。医院与日本东京癌研有明病院、日本独协医科大学病院、南加州大学洛杉矶儿童医院建立了姊妹医院关系，并与国际知名的美国休斯顿医学中心、华盛顿大学医学中心、麻省总医院、加利弗尼亚大学旧金山医学中心和法国尼斯医学中心建立了密切的交流合作关系，并多次互访增进合作。
“仁心仁术，博学博爱”。伴随这一使命和责任的传承，年轻的北京大学深圳医院将在“同享医学成果，共度健康人生”的路上，执着、坚定地不断前进！
