根据吉林省政府《关于吉林大学中日联谊医院和省康复医疗中心整合的批复》(吉政函﹝2011﹞108号)和吉林省政府专题会议纪要《研究吉林大学中日联谊医院、省康复医疗中心和省结核病医院整合有关问题》(﹝2011﹞42期)有关要求,2011年6月9日,吉林大学中日联谊医院成功合并原吉林省康复医疗中心。同年8月29日,吉林大学中日联谊医院南湖院区正式开诊。
吉林大学中日联谊医院南湖院区,位于长春市朝阳区南湖新村东街1028号,占地面积10.33万平方米,绿化率达到70%,是目前吉林省内**一家园林式医院,也是长春市南部新城**一家卫生部直属的三级甲等医院。作为最具发展潜力的院区,吉林大学中日联谊医院在南湖院区的发展建设过程中,将始终坚持建设高水平研究型医院发展目标,坚持“突出外科特色、发挥综合优势、实现科学发展”的理念,坚持“院有特色,科有优势,人有专长”的发展策略,并最终将其建设成为开放床位1200张,建筑面积15万平方米,以骨科诊疗为主体,以康复医疗为特色,集医、教、研为一体的综合性、高水平、现代化院区。