一、胚胎先天性异常：大约有60%的早期流产属于这种原因。引起胚胎先天性异常的原因较多，如遗传病、孕期病毒感染、孕期食物或化学品中毒等。有人称，流产是人类在大自然的条件下的汰劣存优过程，看来有一定的道理。
1、遗传因素：由染色体的数目或结构异常所致的胚胎发育不良，是流产最常见的病因，尤其是怀孕头3个月以内的流产，染色体异常者占50%一60%。
2、外界不良因素的影响：大量吸烟、喝酒，接触化学性毒物，如铅、镉、放射性物质以及严重的噪音和振动。上述有害因素可能直接作用于胎儿导致其死亡，或 者通过胎盘影响胎儿。惊吓和情绪激动等严重精神刺激，可引起孕妇机体内在环境失调，诱发宫缩而导致流产。下腹部或外阴部受到撞击和跌交等，可使胎盘从子宫 壁剥离而引起流产。孕期性生活过频，剧烈的运动，高温环境及重要体力劳动，亦是流产的病因之一。孕期妇科或外科手术，如卵巢肿癌切除术及阑尾切除术，手术中的牵拉可激惹子宫收缩而导致流产。
二、母体疾患：母亲的体质差或患有严重的疾病，如急性传染病，严重的贫血和营养不良，生殖道畸形和生殖器官肿瘤，内分泌功能失调，母子血型不合等，均可危及胎儿导致流产。
三、父方因素：近年发现一种无症状的茁精症可导致流产。研究结果显示，10%一15%的男性精液中含有一定数量的细菌，会影响孕妇，使胚胎流产。
