咖啡灌肠是有益处的，目前尚无科学研究资料，灌肠主要用于手术前对肠道、肠胀气、中毒等人群进行灌肠清洁，但咖啡灌肠需要有专业人员操作，但咖啡灌肠在临床上并没有明确的依据，在临床上不推荐长期饮用咖啡灌肠。咖啡灌肠养生项目的开展单位要注意鉴别，不要轻信。
此外，长时间的咖啡灌肠很容易引起人体肠道菌群失调、细菌感染，还会引起直肠黏膜损伤等，如果有便秘的症状，建议去医院进行治疗，不要盲目的处理，对身体健康有影响。
1、肠道菌群失调：肠道内的大量微生物对人体消化、抵抗外来细菌有一定作用。长时间的咖啡灌肠带走了部分肠道内的细菌，破坏了原来肠道内微生物的平衡，导致肠道菌群失调，影响正常排便功能；
2、微生物感染：咖啡在医院不能作为灌肠的专用溶液，咖啡灌肠灌肠时，如果把未杀的细菌带入肠道，容易引起细菌感染，引起结肠炎、败血症等疾病；
3、直肠黏膜损伤：灌肠是一种专业医学操作，当用咖啡灌肠或导管放置位置太深，会引起肠道不适，甚至损伤直肠黏膜，导致出血。
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