肛肠疾病在临床有比较明显的症状：
1、瘙痒
肛门部皮肤由于脓液及其他排出物刺激，脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉皮肤瘙痒。肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
2、排脓
排脓是肛瘘的主要症状。一般来说，新生成的瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭;瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水;若脓量增加，则表示新瘘管生成。
3、脓肿
疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
4、剧烈腹痛、腹胀及呕吐
常提示为急性便秘，应考虑有肠梗阻的可能。肠梗阻时，腹部听诊多可闻及肠鸣音亢进或闻及呈高调的金属音，至晚期可发生肠麻痹。
5、硬结或瘢痕
瘘管壁及瘘口的反复刺激，使纤维组织增生，在管壁和瘘口形成质韧的结缔组织，常表现为瘘管周围皮肤变色，表皮脱落，凹陷变形，触及条索状硬结通向肛门内。
6、腹部或直肠、肛门内胀痛不适
解出坚硬而粗大的粪团后胀痛减轻，多提示为直肠性便秘;左下腹隐痛不适，解出呈栗子状的坚硬粪团后，隐痛缓解，多提示结肠痉挛或肠易激综合征。
7、腹泻、脐周或下腹部隐痛
多提示为肠结核或腹腔内结核、克罗恩病、慢性溃疡性结肠炎或肠易激综合征等病变。
8、全身症状
多数无全身症状，当肛瘘侵犯范围较大较深或支管较多时，反复炎症感染，会导致消瘦、贫血、便秘、排便困难等全身症状。
9、腹部包块
可能为结肠肿瘤、腹腔内肿瘤压迫结肠、肠结核、克罗恩病(Crohn病)或肿大的淋巴结等。左下腹扪及活动度较大的索条状或腊肠状肠管时，应疑及是乙状结肠痉挛。
